Panchimalco es una población de origen precolombino y fue fundada por emigrantes toltecas (yaquis o pipiles) a raíz de la dispersión de los pueblos nahoas ocurrida aproximadamente en los siglos XI y XII.
En idioma nahuat, Panchimalco significa "Lugar de escudos y banderados" y metafóricamente adquiere el sentido de "La fortaleza", pues proviene de los vocablos "pant", que significa bandera; "chimal", escudo y "co", sufijo locativo.
Por su situación geográfica, en el fondo de una abrupta hondonada limitada por las escarpadas fallas geológicas, el asentamiento constituyó una verdadera e impenetrable fortaleza.

En 1740, según el alcalde mayor de San Salvador, don Manuel de Gálvez Corral, Santa Cruz Panchimalco tenía 310 indios tributarios o jefes de familia, es decir, unas mil 500 habitantes.

Iglesia de la Santa Cruz de Roma. Este templo fue construido alrededor del año 1730 por los nativos, dirigidos a su vez por frailes religiosos. Su fachada es barroca y mide 40 metros de longitud por 18 de ancho. Su bóveda es reforzada por 16 columnas de madera de bálsamo.

Celebración tradicional en la ciudad de Panchimalco La fiesta de "Las Flores y Las Palmas" se celebra cada año el primer fin de semana del mes de mayo, fecha que coincide con el inicio de la época lluviosa en nuestro país.
La celebración se extenderá por una semana durante la que se realizaran actividades culturales como: bailes y danzas tradicionales, elaboración y venta de comida típica, dulces, "chicha" entre otros.

La actual celebración es una mezcla de la religión cristiana católica y costumbres precolombinas.

En tiempos antes de la llegada de la nueva religión, nuestros indígenas llevaban a cabo rituales para celebrar en advenimiento de la época lluviosa, se ofrecían ofrendas y sacrificios a sus divinidades, como por ejemplo a "Nuestro Señor El Desollado", razón por la cuál para recordar el inicio de estas celebraciones la cruz a la cuál le colocamos las ofrendas de frutas "el día de la cruz" debe de ser de "palo de jiote".